Es erschien erst am 21. November 2003 in Japan. In den USA am 4. März 2004 und in Deutschland am 19. Mai 2004.

Die Trainer stehen nun im Kampf hinter dem Pokémon und geben ihm den Befehl. Außerdem können nun 2 Spieler - wie in Rubin/Saphir - gegen 2 Spieler antreten. Auch eine Neuheit ist, dass alle 386 Pokémon in spitzen 3D-Grafik und alle Attacken im Spiel sind. Einige Gold/Silber/Crystal-Pokémon kann man mittels Pokémon Colosseum auf seine Rubin/Saphir-Edition tauschen. Dies ist die einzige Möglichkeit, diese Pokémon zu erhalten. Außerdem gibt es - auf Wunsch der Fans - einen RPG-Modus, Szenario-Modus genannt. Andere Features wie eine Lagerungsbox oder Game Boy-Turm sind dann auf dem Spiel Pokémon Box.