Im zweiten Teil des TCG-Games hat man die Wahl zwischen einem Mädchen oder einem Jungen. Doch zwischen den beiden Charaktern gibt es nur geringe Unterschiede, vor allem bei der Musik und beim Menü. Mit über 500 Karten wirst du dich schwer tun ein 60 Karten Deck zu bauen. Doch wer den ersten Teil des Games kennt, weiß wie man ein schlagkräftiges Deck zu bauen hat. Außerdem sind in dieser Version die Karten der Team Rocket-Edition und der Neo-Version enthalten.

Das Team Rocket ist zurückgekehrt und übernimmt die Kontrolle über alle wichtigen TCG-Clubs. Die Aufgabe des Spielers ist es nun, die Rockets zu besiegen und schließlich zur Rocket-Insel zu fahren, um dort den Boss des Team Rockets zu bezwingen. Auf dem Weg muss man Medaillen gewinnen, indem man die Club-Meister besiegt, genauso wie im ersten Teil.